2016: vers l’open access et au delà

2015 a été une année importante pour le mode de publication ouvert, où les articles scientifiques sont accessibles à tous sans frais ni abonnement (« open access »). Suivant l’exemple notable des Etats-Unis (merci Obama), plusieurs pays dont la France et le Canada ont soit voté, soit implémenté une politique générale d’accès ouvert aux articles scientifiques.

Les éditeurs scientifiques bougent également: juste avant Noel dernier, un accord a été signé permettant aux chercheurs de toutes les universités néerlandaises de publier leurs articles en Open Access dans les revues du groupe Elsevier. Au Royaume-Uni, un accord similaire a été signé avec Springer en Octobre. Des accords au niveau européen ne sont plus à exclure pour 2016.

D’ores et déjà 17% des articles publiés le sont sous une forme ouverte, immédiatement disponible, et après 2 ans, 27% le sont devenus. Si on compte l’open-access « illégal » (via par exemple l’auto-hébergement d’articles …), on arrive déjà à 1/3 de tous les articles accessibles de façon ouverte (source: UUK Open Access Coordination Group, résumé ici). Désormais 2/3 des journaux offrent des options en accès ouvert , moyennant versement d’une coquette somme d’environ 3000 $ ( ce qui n’est pas sans poser certains problèmes pour les labos ou les domaines sous financés). Parmi les exceptions notables, les revues de tout premier rang comme Nature ou Science résistent toujours mais les choses bougent tellement vite qu’on peut s’attendre à de nouveaux bouleversements dans les mois qui viennent.

Aucun doute selon moi: le mouvement est lancé et on va vers un écosystème de publication purement ouvert. Mais il n’y a pas qu’un seul type d’open-access. Au moins quatre (!) nouvelles tendances de fond se dégagent, et au moment de soumettre notre prochain papier open-access, songeons à l’avenir du système !

La première tendance est le modèle correspondant aux accords entre les universités et les éditeurs cités plus haut. C’est un modèle hybride (qu’on peut qualifier de « transition » ?) dans lequel le système traditionnel de revues, d’abonnements, etc… persiste, mais rendant l’option « open-access » gratuite pour les auteurs des universités signant l’accord. De facto il s’agit donc d’une « collectivisation » des frais d’open-access, l’espoir étant que les revues finissent par devenir « naturellement » complètement open-access sous la pression. C’est peut-être le système le plus « réaliste » dans la mesure où il s’appuie sur les revues traditionnelles et où les universités produisant la recherche s’unissent, en position de force pour négocier (et le cas échéant, boycotter si aucun accord n’est trouvé …).

La seconde tendance, c’est le modèle de « méga-revues » online. La plus emblématique est bien sûr le pionnier PLOS One, journal interdisciplinaire open access, qui publie désormais plus de 30 000 articles par an. Le réseau PLoS a aussi encore davantage développé sa présence en ligne, avec un réseau de blogs jouant le rôle des articles plus « magazines » qu’on peut trouver dans les revues type Nature ou Science. D’autres mastodontes de ce genre (pas forcément open-access) sont apparus récemment, par exemple RSC Advances en chimie, qui a adopté un modèle massif depuis 2014 et a publié cette année de l’ordre de 110 000 pages d’articles de recherches originaux ! Il me paraît difficile aujourd’hui d’échapper à ces méga-revues: de facto leur caractère massif les rend incontournable, et leur confère un poids scientifique et économique indéniable. L’un des aspects importants des revues massives comme PLOS ONE ou Scientific Reports (l’équivalent du Nature Publishing Group) est un processus de revue par les pairs à fondement purement « technique », où les seuls critères sont, en gros, l’exactitude scientifique, indépendamment d’un impact potentiel difficile à évaluer et ouvrant la porte à beaucoup de subjectif … Mais l’un des problèmes de ces revues reste la revue par les pairs elle-même pouvant considérablement ralentir la publication.

And this is why you did not yet hear back from the editor 🙁 pic.twitter.com/wXY8Dr1YYj

— Marc RobinsonRechavi (@marc_rr) October 28, 2015

Cette année, Michael Eisen, l’un des co-fondateurs de PLoS, a proposé une solution encore plus radicale, illustrant la troisième tendance : celle de se passer de revue par les pairs avant publication, afin d’accélérer la diffusion scientifique en général. Le « Mission bay manifesto » de Eisen sur le sujet est disponible sur son blog, en voici une traduction française:

Manifeste Mission Bay

En tant que scientifiques ayant la chance de travailler à UCSF, nous jurons solennellement de corriger les défauts du système actuel de communication et d’ évaluation scientifique, qui ne sert ni les intérêts de la science ni ceux du public, en engageant les actions suivantes :
(1) Nous rendrons accessibles gratuitement nos travaux scientifiques dès leur écriture achevée en les publiant sur un serveur de « preprint » comme arXiv.org ou bioRxiv.org, ou équivalent
(2) Aucune publication, donnée, ou outil scientifique que nous produirons ne sera jamais, même pour un instant bref, en accès payant qui les rend inaccessibles aux scientifiques, éducateurs, étudiants, médecins, patients ou membres du public intéressé.
(3) Nous ne ferons jamais référence aux titres de journaux où sont publiés nos articles lors de nos présentations orales, sur nos CV, sur nos demandes de financement ou d’emploi, ou dans tout autre contexte. Nous donnerons simplement le titre, la liste d’auteurs, et un lien accessible à tous pour tout manuscrit.
(4) Nous évaluerons le travail des scientifiques sur la base exclusive de leur qualité, et non sur la base de la revue publication. Nous n’utiliserons jamais le titre de journaux comme un moyen d’évaluer la qualité de travaux d’autres scientifiques dans quelque contexte que ce soit.
(5) Nous abandonnerons le processus actuel de revue par les pairs avant publication, et nous nous limiterons strictement en tant qu’auteurs et arbitres à un modèle de publication ouvert avec revue par les pairs après publication (par exemple dans des journaux tels que F1000 Research, The Winnower et d’autres, ou encore des revues sur des sites comme PubPeer).
(6) Nous nous engagerons à rendre ces positions publiques, et suivrons absolument ce serment pour que nos étudiants, post-docs et les personnels que nous formons ne souffrent pas des conséquences du système déficient que nous avons créé et contribué à nourrir.

Eisen met le doigt sur le problème majeur du système de publication scientifique: l’évaluation des scientifiques eux-mêmes qui en découle, dans un contexte d’emploi et de financement tendus, qui entraîne de nombreux effets pervers négatifs sur la science elle-même (cf cet exemple récent, ou encore cette liste des 5 péchés mortels du système de publication). Il souligne également l’essor des sites de publication avec revue par les pairs après publication comme F1000 Research. Enfin il rappelle l’existence de sites de preprints pour les articles en cours d’évaluation, comme le traditionnel arXiv pour les sciences dures ou le récent bioRxiv créé en 2013 pour la biologie.

Mais ce manifeste et l’idée générale de la publication ouverte sans hiérarchie établie par un intermédiaire (qui serait la revue) a suscité pas mal de réactions (voir par exemple ce billet sur « le problème du privilège » ). En gros la critique majeure est qu’une forte hiérarchie scientifique préexiste: même sur un serveur d’articles indifférenciés, certains articles sont plus égaux que d’autre. En l’absence d’autre information, chacun ne lirait que les articles du réseau scientifique existant bien identifié, et il serait d’autant plus difficile de repérer les idées et talents nouveaux dans la masse d’articles publiés au quotidien. Un des rares avantages des revues est peut-être de pouvoir à la fois mettre en exergue et passer au crible de la revue par les pairs les résultats les plus iconoclastes a priori, contribuant alors à l’accélération de la science ? Là encore cette vision est très discutée . Dans tous les cas il est nécessaire de communiquer ses recherches de façon efficace auprès de sa communauté (au minimum) et peut-être est-ce une utilisation académique des réseaux sociaux à explorer.

Les mathématiciens ont peut-être trouvé une solution intermédiaire viable à ces multiples interrogations, combinant à la fois la rapidité de publication, le libre-accès, avec un processus de sélection et de validation par la communauté. Une quatrième voie représentée par le projet « Episciences », hébergé par l’université de Grenoble.

L’idée principale est de fournir une plate-forme technique d’examen par les pairs (« peer-reviewing ») : il s’agit de permettre l’émergence « d’épirevues », à savoir des revues électroniques en libre accès, alimentées par les articles déposés dans les archives ouvertes telles que HAL ou arXiv, et non publiés par ailleurs.

Les comités éditoriaux des épirevues organisent l’activité d’évaluation et de discussion scientifique des prépublications soumises ou sélectionnées. Les épirevues peuvent ainsi être considérées comme une « sur-couche » aux archives ouvertes ; ils y apportent une valeur ajoutée en apposant la caution scientifique d’un comité éditorial à chaque article validé.

Dans le même esprit, en Septembre s’est lancé le journal « Discrete Analysis », utilisant des outils comme Scholastica pour gérer la revue par les pairs avec un coût très modéré (10$ par article), et utilisant l’arXiv pour l’hébergement.
Une voie raisonnable, facilement transposable à tout domaine pourvu qu’une sous-communauté scientifique reconnue prenne les choses en main. Mais de telles structures très grass-root » pourront-elles longtemps résister aux méga revues sans investissement de la communauté et des pouvoirs publics pour les financer ?